Misją Federacji Akademii Wojskowych jest realizacja przez Akademię Marynarki Wojennej im. Bohaterów Westerplatte w Gdyni i Lotniczą Akademię Wojskową w Dęblinie wspólnych zadań ukierunkowanych na rzecz rozwoju nauki i wyższego szkolnictwa wojskowego, a także tworzenie innowacyjnych rozwiązań w obszarze bezpieczeństwa i obronności kraju poprzez prowadzenie działalności naukowej, kształcenie doktorantów, tworzenie nowoczesnej infrastruktury badawczej oraz wdrażanie nowoczesnych rozwiązań technicznych i systemowych w wojskowości, jak również komercjalizację wyników działalności naukowej i know-how związanego z tymi wynikami.
Realizacja ww. celów, tj. prowadzenie działalności naukowej, kształcenie doktorantów, nadawanie stopni naukowych i komercjalizacja wyników działalności naukowej, możliwa jest poprzez następujące działania:
- prowadzenie działań na rzecz pozyskania zewnętrznych środków finansowych na badania naukowe lub prace rozwojowe;
- komercjalizację wyników badań naukowych i prac rozwojowych;
- prowadzenie działań mających na celu zintensyfikowanie współpracy naukowej z ośrodkami krajowymi i zagranicznymi;
- kształcenie doktorantów w ramach prowadzonych szkół doktorskich, w zakresie posiadanych uprawnień;
- prowadzenie postępowań w sprawie nadawania stopni naukowych w zakresie posiadanych uprawnień;
- nawiązywanie współpracy z otoczeniem społeczno-gospodarczym;
- organizowanie, współorganizowanie oraz wspieranie organizacji sympozjów i konferencji o charakterze naukowym, szkoleń, warsztatów, spotkań, konkursów, targów i wystaw;
- wspieranie rozwoju czasopism naukowych i działalności wydawniczej w jednostkach uczestniczących.
.